神秘的EVA零號(hào)機(jī)駕駛員綾波麗，在與碇元度約定之時(shí)，來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。她的命運(yùn)似乎就將在此結(jié)束。
　　在危急時(shí)刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的對(duì)“第二次浩劫”真相以及“人類補(bǔ)完計(jì)劃”的探查工作，還要保護(hù)碇真嗣與明日香，以及防備SEELE 對(duì)初號(hào)機(jī)與二號(hào)機(jī)的物理接觸。
　　出于對(duì)碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？長期與SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，為了防止人類“最終的悲劇”，而醞釀了的“人類補(bǔ)完計(jì)劃”能否實(shí)現(xiàn)？盡在《新世紀(jì)福音戰(zhàn)士》電影版第2部中解答。